Обитатели «Сидонии» продолжают защищаться от гигантских пришельцев Гауна. Четверка лучших пилотов корабля отправляется на боевой вылет, и среди них – Нагатэ Таникадзе, которому доверили управление легендарным Стражем «Цугумори».

Чтобы спастись от преследования Гауна, капитан должен отдать команду совершить маневр экстренного ускорения, но это может повлечь жертвы среди населения корабля. Тем временем Нагатэ оказывается перед таким же нелегким выбором: рискую собственной жизнью, он пытается спасти девушку по имени Сидзука Хосидзиро, одного из первых друзей, которые появились у него на «Сидонии».