Когда Нагатэ Таникадзэ только выбрался на верхние уровни "Сидонии" и познакомился с другими обитателями корабля, все казалось ему простым и понятным: Гауна - враги, и с ними нужно сражаться. Но выясняется, что из своей облочки, эны, Гауна способны воссоздать человеческое тело, и именно это происходит с погибшей подругой Таникадзэ Сидзукой Хосидзиро. А самое ужасное - Гауна могут скопировать не только тело, но и личность, и память человека... Но в чем тогда разница между копией и оригиналом?

Тайны самой "Сидонии" тоже продолжают множиться. Легендарный ученый Отиай, известный запрещенными экспериментами с эной и приговоренный к казни в конце Четвертой войны против Гауна, не только жив, но и освободился из заточения...